Le microbe, nouvelle star des labos

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170 millions de dollars, c'est le budget attribué, en 2008, au Microbiome Project américain.
170 millions de dollars, c'est le budget attribué, en 2008, au Microbiome Project américain. (Crédits : AstraZeneca)
La connaissance et le traitement de notre flore microbienne - qui pèse 1,5 kg dans le corps d'un adulte -, sont devenus l'un des domaines les plus prometteurs des biotechnologies. Les jeunes pousses du secteur commencent à intéresser les « big pharmas » et les grands noms de l'agroalimentaire.

Avec l'expansion rapide du virus Zika et l'arrivée de l'épidémie annuelle de grippe, la promotion des microbes n'est certes pas dans l'air du temps. Et pourtant !

La flore microbienne qui colonise nos organismes est l'un des domaines de recherche les plus prometteurs de l'univers des biotechs. Sa connaissance pourrait faire émerger de grandes innovations thérapeutiques pour prévenir les maladies et se soigner par... microbes interposés.

Émergence d'un nouvel univers thérapeutique

Rebaptisés « microbiotes » et souvent évoqués sous le nom générique de « microbiome », ces milliards de microbes confortablement installés dans nos tissus, deviennent les nouvelles stars des laboratoires. D'après les dernières découvertes, ils participent activement à la protection de notre santé, à tel point que leur déséquilibre peut nous rendre malades.

Dans le sillage de la recherche, le monde industriel commence à y déceler un vrai potentiel économique. Déjà Nestlé et Danone, qui se présentent comme des entreprises de santé plus que comme des groupes agroalimentaires, ont inscrit le microbiote dans leurs priorités de recherche en interne ou en s'associant à l'Institut national de recherche agronomique (Inra) autour du décryptage metagénomique des microbes. Objectif : un nouveau développement pour les alicaments. Des grands noms de la cosmétique comme L'Oréal ou Pierre Fabre ont aussi appris à associer la flore cutanée à leurs nouvelles formulations (lire ci-contre l'encadré sur la cosmétique microbiotique). Un nouvel univers thérapeutique est littéralement en train d'émerger.

Des neurones dans le système digestif

Comme l'ont découvert les chercheurs à la fin du siècle dernier, nous hébergeons des milliards de microbes sur notre peau, dans notre estomac, nos intestins, notre bouche, nos poumons, etc.

Cette micropopulation est constituée de bactéries, de virus, de champignons et de levure. Comme ils ne sont pas dangereux là où ils se trouvent, le système immunitaire les laisse tranquillement se développer : tous ces microbes réunis représentent près de 1,5 kg dans le poids d'un adulte ! De plus en plus de chercheurs considèrent le microbiote de nos intestins comme un nouvel organe. De par la présence de neurones dans le système digestif, il agit directement sur le cerveau en envoyant des signaux qui vont de l'optimisme à l'angoisse.

« Le charme discret de l'intestin »

Très régulièrement, des analyses montrent son implication probable dans différentes maladies. Avec son livre Le charme discret de l'intestin, la jeune doctoresse allemande Giulia Enders a popularisé dans le monde entier cette thèse qui fait de notre ventre et de son microbiote notre « deuxième cerveau », responsable de notre bien-être.

Si cette nouvelle tendance biotechs suscite l'intérêt des industriels, c'est d'ailleurs parce que l'on connaît de mieux en mieux ces microbes. Pendant longtemps, ils ont été difficiles à identifier car la majorité mourait une fois extraite de l'organisme. Mais depuis l'achèvement du décryptage du génome humain en 2003, les équipements ultramodernes de séquençage et d'exoloration (screening) haut débit ont permis de faire des progrès. Depuis 2008, deux consortiums scientifiques explorent le microbiome : le Human Microbiome Project lancé aux États-Unis par le National Institute of Health (NIH) et le MetaHIT européen soutenu, chez nous, par l'Inra. Leur but : identifier l'ensemble des micro-organismes qui peuplent nos microbiotes et déterminer leur fonction précise sur notre santé. Et comme une partie seulement de ces microbes sont communs à tous les humains, il faudra de nombreuses analyses pour connaître l'ensemble des bactéries, des virus et autres parasites qui aiment prospérer dans le corps des humains.

Les missions d'exploration de MetaGenoPolis (Inra)

Cette exploration est l'une des missions principales du pôle MetaGenoPolis. Cette plateforme de l'Inra poursuit les recherches lancées dans le cadre du consortium MetaHIT. Sous un statut public/privé, elle a élaboré une méthodologie de conservation et d'exploration génétique très précise du microbiote intestinal par metagénomique. Elle est au service des chercheurs, startups et industriels travaillant autour de cet organe.

Ardent promoteur de l'équipement, le Pr Stanislav Dusko Ehrlich est l'un des pionniers européens de la recherche sur le sujet. Selon ce passionné, les possibilités d'application sont larges : « On voit se développer un protocole capable de diagnostiquer une cirrhose du foie non plus par biopsie mais à partir d'un simple échantillon de selles. Un institut parisien travaille aussi à la prévention de maladies chroniques comme le diabète, grâce à une correction des microbiotes appauvris avec un régime alimentaire spécifique riche en protéines et en fibres. Autant d'indications qui permettront peut-être de faire des économies de dépenses de santé. »fonds dédié aux sciences de la vie

Danone et Novartis ont investi dans le fonds de Seventure

Pour Seventure également, le microbiote est un sujet porteur. Le gestionnaire de fonds de capital-risque a misé très tôt sur ce secteur, et a lancé un fonds spécifique sur les sciences de la vie : Health for Life Capital, doté de 160 millions d'euros, dont une grande partie des investissements sont consacrés à ces recherches.

« La composition du microbiome humain et ses effets sur la santé sont un point essentiel de la recherche et du développement de l'industrie agroalimentaire, pharmaceutique et du diagnostic, affirme Isabelle de Crémoux, présidente du directoire.

C'est pourquoi des industriels prestigieux, tels Novartis ou Danone, ont investi significativement dans notre fonds. Les applications potentielles sont multiples. Le microbiome entrerait en jeu dans le développement de maladies chroniques, inflammatoires, mais aussi psychiatriques, comme l'autisme ou l'Alzheimer, et auto-immunes comme la sclérose en plaques, par exemple. »

Des approches thérapeutiques novatrices

Pour de nombreux observateurs, la connaissance du microbiote va conduire à des approches diagnostiques et thérapeutiques nouvelles. En ce début d'année, une découverte de l'implication de certaines bactéries de l'estomac contre le développement de mutations cancéreuses a été particulièrement remarquée.

« Les grands pharmas commencent à investir sur ces recherches comme le font Johnson & Jonhson, Pfizer et AbbVie, observe Elsy Boglioli, directeur général associé du Boston Consulting Group (BCG). La discipline intéresse aussi l'agroalimentaire. Nestlé vient d'investir 54,6 millions d'euros dans Seres Therapeutics, une jeune entreprise de thérapie nutritionnelle basée aux États-Unis. Cette société très en vue mise sur l'administration de bactéries vivantes pour soigner des infections nosocomiales ou éviter des problèmes de santé. »

Il est trop tôt pour parler de révolution médicale

Les consultants restent cependant prudents dans leurs prédictions : pas question de nourrir la naissance d'une quelconque bulle car il est encore un peu tôt pour parler de révolution médicale.

« Le microbiote est facile à extraire, c'est l'organe parfait pour mener des essais cliniques, observe Magali Richard, directrice de projet chez BCG. Mais le phénomène comporte une inconnue : l'ampleur de son impact sur la santé. Même si le microbiote est impliqué, intervenir sur cet organe permettra-t-il de soigner les patients ? »

Pour la communauté scientifique néanmoins, les premiers résultats sont prometteurs, ce qui met le secteur en effervescence. Depuis deux ans, Seventure a vu 140 startups travaillant sur le microbiote lever des fonds et a investi dans six d'entre elles.

Soigner la maladie de Crohn

Déjà, certaines jeunes pousses apparaissent comme les futurs grands noms de cette nouvelle façon de soigner via nos microbes. C'est le cas d'Enterome (25 salariés basés à Paris) qui a déjà levé 17 millions d'euros pour élaborer un traitement de la maladie de Crohn. Cette inflammation chronique des intestins semble liée en partie à la disparition de certaines bactéries bénéfiques.

« Les molécules sécrétées par ces bactéries modulent habituellement les défenses immunitaires et les dissuadent d'attaquer nos bactéries commensales [habituellement dans nos organismes, ndlr]. Cela entraîne une sorte de rejet de tout le microbiote qui provoque une inflammation, précise son CEO, Pierre Belichard. Notre formule délivre ces molécules dans les intestins afin de continuer à moduler les ardeurs du système immunitaire. Le médicament le plus avancé entre en essai clinique cette année. »

Enterome a lancé une plateforme de recherche microbiote autour de la maladie de Crohn portée par MetaGenoPolis, plateforme à laquelle se sont associés l'Américain Johnson et Johnson et le big pharma japonais, Takeda.

Les jeunes pousses françaises ne manquent pas

D'autres startups françaises pourraient aussi se classer dans le palmarès de cette nouvelle médecine en mode biome. C'est le cas du Laboratoire nutrition et cardiométabolisme (LNC) à Bordeaux, qui travaille sur l'obésité, ou de TargEDys, à Rouen, qui étudie les rapports entre microbiome et anorexie ou hyperphagie. Autre jeune pousse très en vue, MaâT Pharma, à Lyon, qui élabore des greffes de microbiotes pour réparer la flore intestinale après une chirurgie et un lourd traitement antibiotique. Car si la chimie des antibiotiques et antibactériens protège des infections, elle est néfaste pour les bonnes bactéries de nos chers microbiotes. C'est le cas pour le microbiote intestinal, mais aussi pour la flore cutanée dont le déséquilibre entraîne des inflammations. L'année dernière, l'Américain AOBiome a fait le buzz en affirmant que l'on se lavait... trop souvent, et en développant des cosmétiques enrichis en bactéries.

Un principe qui a encore tendance à horrifier le grand public occidental, pas du tout prêt à se réconcilier avec ses microbes. En revanche, les Asiatiques ont moins de mal à imposer une médecine en mode biome : dans leur culture, la bonne santé dépend surtout d'un subtil équilibre entre les bons et les mauvais microbes. Il est donc normal de se soigner en dorlotant ses microbes alliés.

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MINILEXIQUE

  • Microbiome : concept qui désigne l'ensemble des microbiotes, avec leur patrimoine génétique.
  • Microbes : organisme vivant qui ne peut être observé qu'au microscope.
  • Bactérie : micro-organisme constitué d'une seule cellule. Il s'installe dans l'organisme et se reproduit en se divisant en deux.
  • Virus : micro-organisme bien plus petit qu'une bactérie et qui infecte les cellules du corps.
  • Microbe pathogène : si la majorité des bactéries et des virus sont inoffensifs pour l'homme, certains sont pathogènes et déclenchent des maladies.

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