A la clôture, l'indice Nikkei 225 des valeurs vedettes a cédé 65,15 points pour s'afficher à 8.655,87 points, également victime d'un repli du dollar face à la devise nippone.
Le Nikkei avait enregistré lundi son niveau de clôture le plus élevé depuis le 22 mai.
L'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a pour sa part reculé de 4,12 points (-0,56%) pour terminer à 734,69 points.
La séance a une fois de plus été très peu active, avec seulement 1,38 milliard de titres échangés sur le premier marché.
Même si les résultats des élections législatives grecques de dimanche avaient donné un peu de tonus à l'euro lundi, le regain d'inquiétudes au sujet de la situation des établissements bancaires espagnols a joué en sens inverse mardi.
De surcroît, le taux de rendement des obligations espagnoles à 10 ans est monté lundi à un niveau jamais vu depuis la création de la zone euro, à plus de 7%, un seuil au delà duquel la dette d'un pays paraît ingérable.
Mardi à la clôture à Tokyo (06H00 GMT), l'euro s'échangeait autour de 99,60 yens, contre 100,70 yens 24 heures auparavant, et le dollar à 79,00 yens, également en tendance baissière.