La concurrence est le seul domaine dans lequel la Commission a un pouvoir propre, indépendant des États. Cette activité est pilotée par la Direction générale n° 4 (DG4), qui est compétente pour instruire les affaires d'ententes, cartels et positions dominantes, les affaires de fusion d'entreprises (au-dessus d'un seuil de chiffre d'affaires) qui pourraient aboutir à une position dominante d'un seul acteur sur un marché, et les aides d'État, qui peuvent contrevenir à la libre concurrence au sein du marché intérieur. La DG4 travaille également à la déréglementation sectorielle des télécoms, des postes, des transports ferroviaires, etc. Une fois les dossiers instruits, le commissaire en charge (actuellement, la Hollandaise Neelie Kroes) les soumet au collège de tous les commissaires, qui doit l'approuver par un vote. La décision peut être contestée devant les juridictions communautaires.