Pour assurer ses responsabilités avec "efficacité et crédibilité", le premier président de la Cour des comptes, Philippe Séguin, revendique une plus grande indépendance financière. Comme l'Elysée ou les deux Assemblées, il souhaite que la Cour, qui certifiera les comptes de l'Etat à partir de 2007, soit soustraite à la procédure budgétaire classique. Dans son dernier rapport public, l'institution de la rue Cambon pointe notamment la "gestion défaillante" du ministère des Affaires étrangères dans le domaine de l'immobilier. Elle dénonce aussi les conditions dans lesquelles a été mené le "désamiantage" du campus de Jussieu.