Dans le débat récurrent sur la reconnaissance de l'homéopathie, Thierry Boiron estime que sa spécialité « mérite d'être mieux traitée qu'un blocage des prix (des médicaments remboursés) depuis plus de vingt ans ». Selon lui, l'homéopathie est utile pour la santé publique et sur le plan économique en permettant « 1 milliard d'euros d'économie ». Plus prosaïquement, la cour d'appel de Versailles vient d'ordonner à l'Urssaf, qui a fait appel, de rembourser près de 13 millions d'euros à Boiron au titre de la taxe additionnelle sur les ventes directes.