Sortie de l'ENA en 1992, Isabelle Fernandez s'intéresse très vite à l'Asean, et s'installe dès 1996 à Pékin, comme adjointe au chef de la Mission économique. Entre Pékin et Shanghai, elle voit l'arrivée d'un nombre croissant d'investisseurs français. En 2009, la direction d'Ubifrance en Chine lui est confiée.