Au chapitre des grains de sable qui grippent la mécanique de l'autonomie, le nouveau système d'allocation des moyens, baptisé « SYMPA » : 20 % des moyens sont désormais attribués en fonction de la performance en matière de formation (évalutation de l'insertion professionnelle) et de recherche, contre 3 % auparavant, et 80 % en fonction de l'activité (nombre d'étudiants présents aux examens, nombre d'enseignants-chercheurs publiant...). Déjà modifié, il est toujours jugé inéquitable par les présidents d'université qui réclament la prise en compte de l'« efficience », à savoir la performance réelle de l'établissement en fonction de son taux d'encadrement (nombre d'enseignants-chercheurs par rapport aux effectifs étudiants).