La gouvernance, considérée comme un préalable à l'affermissement de l'autonomie des universités, a été renouvelée : le conseil d'administration a été resserré à 30 membres et ouvert au monde économique, et le président (élu par les administrateurs élus) a vu ses pouvoirs renforcés. Mais la question se pose de faire évoluer cette gouvernance en permettant notamment aux personnalités extérieures (nommées) d'élire le président. Un amendement à la proposition de loi Adnot sur l'immobilier universitaire, vivement critiqué par l'Unef, avait d'ailleurs été déposé en ce sens. Mais le chantier n'est pas jugé prioritaire par les présidents d'université. Au sein du gouvernement, on table sur de possibles évolutions via le grand emprunt.