Les finalités de la recherche scientifique sont souvent mal comprises : pour le grand public, la science n'a de raison d'être que par ce qu'elle apporte au bien-être matériel et à la santé. Aussi le principe de la recherche "sur projets", fortement développé depuis 2005, peut-il sembler a priori séduisant : il s'agit de soutenir les laboratoires sur la base de projets courts (deux à quatre ans) dont la démarche et les résultats attendus doivent être précisément identifiés à l'avance. Les chercheurs s'adressent en particulier pour cela à l'Agence nationale de la recherche (ANR), dont les fonds sont publics. Hélas, outre le fait que les découvertes essentielles surviennent rarement dans le cadre de tels projets à court terme, ce système présente de graves inconvénients.

Une première difficulté est la conception même d'un dossier de candidature à un financement par l'ANR, qui demande une énergie et un temps considérables. Les formulaires à remplir sont inutilement compliqués, et mal conçus car formatés de façon identique pour toutes les sciences, exactes, expérimentales ou appliquées.

Surtout, l'expertise sérieuse d'un tel dossier demanderait elle aussi un effort de plusieurs jours. L'ANR est censée s'appuyer pour cela sur les avis de scientifiques de réputation mondiale à qui les dossiers sont transmis. On demande à l'expert, lui-même chercheur, d'indiquer si, d'ici à quelques années, une idée nouvelle jaillira dans le cerveau des postulants pour accomplir la percée qu'ils espèrent. Or les experts sollicités, déjà débordés par leurs propres recherches et par d'autres évaluations, n'ont qu'un temps très insuffisant à consacrer à l'examen d'un dossier. Un chercheur actif pourra rarement dédier plus de deux ou trois heures à la conception et à la rédaction de son rapport d'expertise ; ce temps inclut l'examen du dossier, une réflexion qui peut requérir une étude bibliographique, et l'écriture d'un texte. Quels que soient la compétence et le dévouement des experts, la fiabilité de l'évaluation n'est donc pas du tout assurée. Ce problème est fondamental.

Les conditions de sélection des dossiers sont extrêmement opaques, et les refus sont trop brièvement et insuffisamment justifiés. À la différence des agences et fondations anglo-saxonnes qui communiquent aux postulants l'intégralité des rapports d'expertise, l'ANR n'envoie qu'un résumé succinct et peu argumenté, tard après la décision. Certains démontrent clairement que le dossier n'a pas été étudié sérieusement. Ainsi le refus de financer un projet (plus des trois quarts des demandes), loin d'inciter son amélioration, a pour seule conséquence la perte de temps liée au travail de conception du dossier.

Globalement, ce système trop lourd ne permet pas de financer un projet innovant ayant besoin de fonds dans un bref délai.

Si le projet est accepté, des conditions bureaucratiques très tatillonnes sont imposées pour utiliser l'argent, forçant les chercheurs à diminuer notablement leur temps consacré à la recherche pour satisfaire aux exigences de formalités administratives inutiles.

Au total, un tel système aboutit à dépenser plus d'argent pour faire moins de recherche. Ce fonctionnement est dissuasif pour de nombreux chercheurs, et d'excellents scientifiques partent dans des pays où l'obtention de crédits est plus facile et rapide.

L'ANR a justifié son existence par sa prétendue volonté d'indépendance et de transparence. Ces qualités ne sont pas remplies. Il serait plus efficace d'augmenter la dotation récurrente des laboratoires, ce qui permettrait aux chercheurs de pouvoir utiliser rapidement des moyens aux moments où il faut avancer vite, et de conduire sereinement les travaux à long terme capables de faire progresser les connaissances fondamentales indispensables aux développements technologiques de demain.