Le Conseil d'Etat a suivi un arrêt de la Cour européenne de justice et considéré que le ministère de l'Agriculture n'avait le pouvoir pour prendre ces arrêtés de suspension des OGM que dans certains cas. En l'espèce, il ne pouvait décider un moratoire sans en avertir la Commission européenne. Les Etats membres de l'Union européenne ne sont compétents pour prendre des mesures d'urgence que s'ils établissent l'existence d'un risque important mettant en péril de façon manifeste la santé humaine, la santé animale ou l'environnement, précise le Conseil d'Etat.

"Le Conseil d'Etat relève que le ministre de l'Agriculture n'a pu justifier de sa compétence pour prendre les arrêtés, faute d'avoir apporté la preuve de l'existence d'un niveau de risque particulièrement élevé pour la santé ou l'environnement", dit la juridiction dans un communiqué.

Plusieurs personnalités écologistes ont demandé au gouvernement de reprendre de nouveaux arrêtés en se fondant le cas échéant sur un autre texte, ce qui serait légalement possible, selon eux. "Ce que j'attends, c'est que dans la journée, la ministre de l'Environnement, Nathalie Kosciuscko-Morizet, et le ministre de l'Agriculture, Bruno Le Maire, annoncent très clairement et sans aucune ambiguïté qu'ils vont prendre cette clause de sauvegarde", a déclaré le député européen José Bové, chef de file des anti-OGM.

L'ancienne ministre de l'Environnement, Corinne Lepage, a aussi appelé "le gouvernement à reprendre immédiatement une interdiction nationale de culture".
Greenpeace fait enfin une demande identique. "Si le gouvernement ne fait pas le nécessaire, en mettant en place une nouvelle interdiction, on risque de voir réapparaître les OGM dans nos champs dès le printemps prochain. Est-ce quelque chose que Nicolas Sarkozy, très probable candidat à la présidentielle, est prêt à assumer ?", demande l'organisation dans un communiqué.

Le candidat socialiste à la présidentielle, François Hollande, demande lui aussi une nouvelle procédure. "Les consommateurs mais aussi une grande majorité des agriculteurs ne veulent pas d'OGM dans leurs assiettes et dans leurs champs. La loi que l'UMP a fait voter n'en a malheureusement pas apporté la garantie", a-t-il dit dans un communiqué.