Dès l'annonce de tractations en vue d'une acquisition de Monsanto par Bayer, les ONG du monde entiers, comme Swissaid ou l'ONG Campact, ont fustigé le rapprochement entre les deux groupes. Bayer devra gérer l'image dégradée de Monsanto, entreprise contre laquelle des manifestations sont organisées chaque année depuis 4 ans. Mais le groupe allemand pâtit également d'un passé sulfureux, qui a entrainé à la fin des années 1970 la création d'une ONG allemande appelée "Coordination contre les méfaits de Bayer".
Parmi les derniers scandales en date touchant le géant allemand: certains de ses pesticides sont accusés d'être des produits tueurs d'abeilles. Une pétition ayant rassemblé 1,4 million de signatures réclamant l'arrêt de la vente de ces produits a été remise en avril à la société par l'ONG SumOfUs lors de l'assemblée générale des actionnaires de Bayer à Cologne (Ouest) en avril. Deux mois plus tard, les députés français ont voté pour une interdiction (partielle) de ces pesticides à partir de 2018.
La partie pharmaceutique de Bayer n'est pas non plus épargnée par les scandales. Plusieurs marques de pilules contraceptives de quatrième génération de la société sont accusées d'être à l'origine d'embolies pulmonaires et d'accident vasculaires cérébraux par des plaignants. Plusieurs études ont d'ailleurs évoqué le risque accru de thrombose veineuses associés aux contraceptifs.
Accusé d'être impliqué dans un scandale de sang contaminé
A la fin des années 1970 et au début des années 1980, Bayer et plusieurs autres laboratoires ont été accusés d'avoir sciemment écoulé des produits sanguins contaminés par le VIH. En 2011, le groupe allemand et trois autres laboratoires ont indemnisé des hémophiles.
Ces affaires ont écorné l'image d'un groupe, qui lutte contre son histoire et vante une image d'entreprise en plein rédemption avec son slogan "Science for a better life" (la science pour une vie meilleure). Comme le rappelle Bloomberg, la société allemande a déjà dû pour redorer son image fortement dégradée par la seconde guerre mondiale. Elle est en effet issue du groupe industriel IG Farben, une entreprise ayant collaboré avec les nazis et eu recours aux travaux forcés, notamment.
Monsanto: de l'agent orange à l'herbicide Lasso
Concernant Monsanto, la première grande polémique fut déclenchée pendant la guerre du Vietnam. L'armée américaine a déversé l'agent orange, un herbicide, sur les forêts vietnamiennes, afin qu'elles ne servent pas de cachette. 16.000 vétérans ont saisi la justice individuellement en 1999 pour attaquer Monsanto et dénoncer les maladies de peau contractées à cause de ce défoliant. En 2013, la justice a donné raison à 39 vétérans tombés malades à cause de l'herbicide.
Autre scandale, en 2002, Monsanto est condamné à verser 700 millions d'euros aux habitants de la ville d'Anniston en Alabama pour avoir déversé dans un ruisseau et une décharge des déchets contaminés par des polychlorobiphényles (PCB), utilisés comme isolants électriques et hautement polluants.
L'herbicide Lasso a été interdit en France en 2007 et Monsanto a été condamné en 2015 pour l'intoxication d'un agriculteur charentais. Le prochain scandale pourrait concerner son désherbant, le roundup (glyphosate), classé comme cancérogène par le Centre international de recherche contre le cancer en mars.