Le secrétaire d'Etat Alain Joyandet a été battu avec 38,36% des voix, contre 47,41% au PS, au second tour des régionales en Franche-Comté.

Au premier tour, Alain Joyandet était arrivé en tête avec 33% des voix. Il devançait la sortante Marie-Guite Dufay (PS), qui obtenait 29,41% des voix, et Sophie Montel (Front national), à 13,73%.

Le candidat Europe Ecologie, Alain Fousseret, n'était pas en mesure de se maintenir au second tour avec 8,94% des voix.

En 2004, en Franche-Comté, la gauche n'était pas unie au premier tour. L'ancien président de l'Assemblée nationale, le socialiste Raymond Forni (PS-verts- Association pour une gauche républicaine), décédé depuis, avait recueilli 31,3%, loin devant celle du président sortant, l'UMP Jean-François Humbert (24,8%). Ce dernier ne pouvait alors compter que sur une faible réserve de voix, l'UDF Gérard Faivre n'ayant obtenu que 7,7%. La liste d'Evelyne Ternant rassemblant PCF-MRC-PRG-U2R avait, elle, recueilli 4,2%. Le Front National, mené par Sophie Montel, avait réalisé une de ses meilleures performances nationales avec18,7%.