La branche Transports et Logistique, la première activité de la SNCF en terme de chiffre d'affaires (environ 8,5 milliards d'euros), "va être frappée de plein fouet" par la crise, a affirmé Guillaume Pepy lors du séminaire de presse annuel. "Les trafics sont en retrait par rapport à ce qu'on attendait", a précisé le patron de la branche Pierre Blayau, sans vouloir donner de chiffres. "On attend les effets d'une reprise économique", a-t-il ajouté. Cela prendra-t-il "quelques mois, un, deux ou trois semestres ? On ne sait pas".

Pour le directeur financier du groupe, David Azéma, cette branche, qui compte aussi bien la filiale de logistique et de transport routier Geodis que le fret ferroviaire de la maison mère (Fret SNCF), "fait face à une dégradation dont il est difficile de mesurer l'ampleur". Selon lui, c'est une nouvelle fois le Fret SNCF qui, déjà mal en point, est le plus touché. Il a même, explique david Azéma "complètement mangé les résultats" de la branche.

D'après la CGT-Cheminots, le fret ferroviaire a vu son trafic baisser de 8,8% et ses recettes reculer de 4% entre janvier et août tandis que la presse évoque une perte creusée à 300 millions pour 2008, autant de chiffres que la direction a refusé de confirmer.

Parmi les secteurs les plus touchés, le transport de pièces automobiles, qui pâtit du ralentissement du secteur ou encore les eaux en bouteilles, de moins en moins consommées. Ainsi par exemple, à la gare de Bellegarde (Ain), où transitent habituellement une centaine de wagons par jour remplis de bouteilles d'Evian, la SNCF n'en compte plus que cinquante depuis mai.

Du coup, la crise fait replonger le fret ferroviaire qui, bien que très mal en point depuis des années, avait connu un léger mieux en 2007. Autant dire que l'objectif de la SNCF de faire revenir son fret ferroviaire à l'équilibre en 2010 sera difficile à tenir.

En revanche, la crise épargne pour l'instant le transport de voyageurs. Sur ce segement,  "l'impact de la crise n'est pas sensible", a affirmé Guillaume Pepy, car le ralentissement économique "est en ce moment compensé par un transfert de la route vers le rail" grâce à la cherté des carburants.

Une analyse partagée par l'Union internationale des chemins de fer: selon elle, sans la hausse de l'essence, le transport de voyageurs en Europe serait en repli. La SNCF a vu son trafic grandes lignes augmenter de 5,9% au premier semestre et attend pour 2008 des hausses d'au moins 7% pour les TER et de 3% en Ile-de-France.

Autre élément rassurant selon la SNCF, son accès au crédit n'est pas menacé malgré la crise financière, puisque la SNCF est entièrement publique et les investissements comme les objectifs financiers ne sont pas remis en cause. La SNCF va d'ailleurs lancer en 2009 un énorme appel d'offres qui portera sur des dizaines de rames TGV nouvelle génération, pour remplacer les anciennes. Toutefois, s'est inquiété Guillaume Pepy, "cela va-t-il durer ou la force du ralentissement économique va l'emporter ? On ne sait pas."

La SNCF a annoncé en août un plan d'économies de 100 millions d'euros pour faire face au ralentissement économique.