L'insécurité et le sabotage ne sont apparemment pas les seules raisons de la crise du pétrole que connait le Nigeria. Certains opérateurs multinationaux seraient également en cause selon les autorités nigérianes à travers de supposés détournements. En effet, le gouvernement fédéral du Nigeria a assigné deux compagnies à la justice pour non déclaration d'exportation de pétrole. Il s'agit de l'italienne, Agip et de la française, Total. Les sommes évoquées sont astronomiques, surtout pendant l'une des plus dures crises que connait le pays. Selon une première étude du gouvernement, elles dépasseraient 635 millions de dollars. Il s'agit du coût de la différence entre les quantités pompées du sol nigérian par ces sociétés et celles déclarées.
Le Nigeria demande à Total E&P et Nigeria Agip Oil Company de payer le montant de ces sous-déclarations, soit respectivement 490,5 millions et 145,8 millions de dollars, avec un taux de pénalité annuel de 21 % jusqu'au règlement de la totalité des sommes. L'histoire a commencé quand le gouvernement a constaté des baisses dans les revenus du pétrole brut à partir de 2014. Une enquête fut donc lancée et a conclu en effet que la source de cette baisse de chiffre d'affaire est dû à la sous-déclaration, sinon la non-déclaration des expéditions de pétroles brut par certains grands opérateurs. Le pays a ensuite commencé à suivre les mouvements de son pétrole exporté, puis s'est mis à comparer ses registres avec ceux des pays importateurs. Dans le cas des Etats-Unis, principal pays concernés par les sous déclaration de Agip et Total, la collaboration de l'administration a permis de tracer les acheteurs, les vendeurs, ainsi que la quantité du pétrole brut exporté du Nigeria.
Parallèlement, le gouvernement d'Abuja avait passé les expéditions de pétrole brut et de gaz/exportations en provenance du Nigeria au peigne fin. En plus de la déclaration et l'inspection par des agents nommés par la Banque centrale du Nigeria, Abuja s'est équipé avec un système informatique high-tech. Celui-ci comporte des systèmes de repérage par satellite pour la collecte des informations et vérifier les trajectoires des navires transportant le brut nigérian. Le système a permis de traquer les détournements des grands pétroliers opérants sur le sol nigérian. C'est le cas de d'autres sociétés d'exploration pétrolière, comme Chevron, contre qui des actions en justice sont imminente afin de récupérer des sommes tout aussi considérables.
