L'AP-HP se lance dans le séquençage génomique dernière génération

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La France accuse un retard vis-à-vis de la Chine et des Etats-Unis, les deux leaders dans la génomique.
La France accuse un retard vis-à-vis de la Chine et des Etats-Unis, les deux leaders dans la génomique. (Crédits : © Handout . / Reuters)
L'AP-HP et la société française Integragen vont créer une plateforme commune de séquençage à très haut débit. Une manière pour l'AP-HP d'accélérer dans la prise en charge des patients dans la cancérologie et les maladies rares et d'attirer des projets de recherche académiques ou d'industries pharmaceutiques. Elle espère faire partie des plateformes spécialisées dans le séquençage ADN du Plan France médecine génomique 2025.

Mercredi 29 juin, l'Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP) et IntegraGen, entreprise française spécialisée dans l'analyse génomique, ont conclu un "partenariat de recherche visant à développer une plateforme commune de séquençage à très haut débit" d'une "durée de trois ans", a annoncé l'AP-HP dans un communqué. Une annonce qui rentre dans le cadre du plan Stratégique 2015-2019 de l'organisation hospitalière souhaitant accélérer dans l'innovation en santé et le progrès technologique.

L'AP-HP et ses 38 hôpitaux vont ainsi bénéficier d'une méthode plus rapide que la technique traditionnelle du séquençage par la méthode dite de Sanger. Ils pourront ainsi multiplier les séquençages ADN de façon industrielle. Les données issues des échantillons biologiques prélevés seront transformées en information génomique et en outils de diagnostic, ajoute l'organisation hospitalière.

"Drainer des projets cliniques académiques ou d'industries pharmaceutiques"

Par ailleurs,

"ce projet de plateforme est une mise en commun de moyens pour répondre à des projets extérieurs. Il s'agit pour l'AP-HP et pour notre société de pouvoir réaliser des projets de recherche clinique. L'AP-HP apporte son recrutement de patients,son expertise médicale, scientifique et biologique, Integragen amène son savoir-faire et son activité génomique à très haut débit", précise à La Tribune Bernard Courtieu, patron d'Integragen.

 L'objectif de la création de cette plateforme est notamment "de drainer des projets cliniques d'origine académique ou pharmaceutiques", ajoute-t-il.

"Dans la cancérologie et les maladies rares notamment, la prise en charge des patients et notamment dans les programmes de recherche clinique a besoin d'information génomique à large échelle. Et ce, afin d'orienter les patients vers de meilleurs essais cliniques et trouver les molécules les mieux adaptées", explique-t-il.

Pour l'AP-HP, qui accuse plusieurs millions d'euros de déficits, c'est également un moyen d'attirer des financements. Elle va en outre pouvoir gagner en savoir-faire et en reconnaissance, alors que l'établissement avoue dans le communiqué qu'actuellement certains de ses chercheurs "sont obligés d'envoyer les ADN à séquencer en Chine".

Première plateforme du Plan France médecine génomique 2025 ?

Il s'agit de la première annonce concrète liée à l'accélération de la France dans la génomique après le Plan France Médecine Génomique 2025, dévoilé par Marisol Touraine et Manuel Valls, le 22 juin. Ce plan annonce la création de douze plateformes spécialisées dans le séquençage ADN au total sur les cinq prochaines années, avec des partenariats public-privé pour un investissement de 670 millions d'euros. Le projet de plateforme de l'AP-HP et d'Integragen pourrait en faire partie, mais il faudra attendre la fin de l'appel d'offre pour le savoir.

Pour rappel, le séquençage est une technique d'analyse complète de l'ordre des gènes qui composent l'ADN d'une personne et qui permet de déterminer les risques de développer certaines maladies comme les cancers. Le gouvernement espère ainsi que seront pris en charge, à l'horizon 2020, environ 235.000 séquences de génomes par an correspondant à 20.000 patients atteints de maladies rares et leurs familles et à 50.000 patients prioritaires car atteints de cancers métastatiques/réfractaires au traitement. L'enjeu est également de faire des économies à long terme, grâce à l'optimisation des traitements que la génomique peut apporter, et de développer une nouvelle filière industrielle.

Enfin, Marisol Touraine assure vouloir "permettre à la France d'être à la tête de cette nouvelle bataille de la médecine personnalisée". La France accuse un retard vis-à-vis de la Chine et des Etats-Unis, les deux leaders dans le domaine. "La plupart des grands centres médicaux universitaires et privés des Etats-Unis utilisent en routine le séquençage génomique de nouvelle génération."

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