Entre le 21 octobre et le 27 décembre 2009, près de 5 millions de personnes ont été vaccinées contre la grippe A en France. Et selon l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (Afssaps) on recense parmi elles quelque 2.600 cas d'effets indésirables. Deux décès ont également été enregistrés sans qu'un lien avec le vaccin ait été confirmé. Les deux victimes étaient âgés. L'une d'entre elles souffrait de "lourds antécédents cardiovasculaires" et l'autre d'antécédents neurologiques avec complications infectieuses. Quant aux effets secondaires constatés après la vaccination, ils restent, selon l'agence, de nature bénigne ou modérée. Il s'agit pour l'essentiel, soit de douleurs ou d'inflammations à l'endroit où la substance vaccinale a été injectée ainsi que de fourmillements, picotements, nausées, fièvre ou maux de tête...

Deux vaccins ont été principalement utilisés : le Pandemrix (GSK, avec adjuvant, 3,7 millions de doses) et le Panenza (Sanofi-Pasteur, sans adjuvant, 1,4 million de doses). Le Focetria (Novartis, avec adjuvant) et le Celvapan (Baxter, produit par culture cellulaire et sans adjuvant) n'ont, eux, été administrés qu'à quelques milliers de personnes.

Le Pandemrix semble un peu moins bien supporté que le Panenza avec, en moyenne, 6,4 cas d'effets indésirables sur 10.000 injections pour le vaccin britannique contre 1,8 pour le français. Injectée aux femmes enceintes, la formule sans adjuvant de Sanofi-Pasteur a, dans quelques rares cas, été suivi d'une fausse couche. Cet éventuel effet indésirable s'est produit à trois reprises dans la seule semaine de Noël. Des investigations sont en cours pour savoir si la substance vaccinale doit être ou non mise en cause. L'autre vaccin réservé aux femmes attendant un enfant, le Focetria a également été suivi, après son injection, de fausses couches spontanées. L'un des cinq cas recensé est survenu 1h30 après la vaccination, suite à un choc anaphylactique. Mais selon l'Afssap "aucune donnée ne permet de relier ces événements à la vaccination". L'agence estime d'ailleur que l'ensemble des cas d'effets indésirables  "ne remet pas en cause la balance bénéfice-risque des vaccins".