C'est un nouveau couperet qui s'abat sur l'Agence Bio, déjà sur la sellette depuis des mois. Dans ses conclusions présentées le 3 juillet, la commission d'enquête sur les missions des agences, opérateurs et organismes consultatifs de l'État du Sénat en recommande la suppression « en tant qu'entité distincte ». Elle suggère de « réinternaliser ses missions » au sein du ministère de l'Agriculture et de la Souveraineté alimentaire.
« La formule du GIP [groupement d'intérêt public, censé permettre la mise en commun de moyens publics et privés] n'a pas permis de faire de l'Agence bio une structure réellement cofinancée par plusieurs partenaires, ni d'aboutir à la création d'une interprofession. En outre, cette agence ne gère qu'une petite partie du financement public à l'agriculture bio [autour de 20 millions d'euros], qui bénéficie de près de 700 millions d'euros de crédits nationaux et européens en 2025 », justifie la commission, pour qui « en conséquence, l'existence de cette agence ne se justifie pas. »
L'Agence bio devrait notamment être intégrée à l'Établissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), a suggéré la rapporteure de la commission, Christine Lavarde. FranceAgriMer accueille d'ailleurs déjà les personnels de l'Agence bio dans un bâtiment sous sa gestion à Montreuil (Seine-Saint-Denis), note le rapport sénatorial. Depuis 2020, les agences comptables de FranceAgriMer et de l'Agence bio sont d'ailleurs réunies dans un même groupement comptable (avec d'autres), ajoute-t-il.