La Franche-Comté regroupe quatre fromages AOP : le Comté, le Mont d'Or, le Morbier et le Bleu de Gex. Délimités sur un territoire donné et par un nombre d'animaux à l'hectare, les 2.500 éleveurs de la zone AOP rencontrent les mêmes difficultés face au dérèglement climatique, aussi bien lors des fortes sécheresses que lors des périodes trop humides, comme cette année. Selon les derniers chiffres du syndicat interprofessionnel du Mont d'Or (SIMO), par exemple, les 6.000 tonnes de Mont d'Or produites lors de la saison 2021-2022 ne seront probablement plus jamais atteignables. Le changement climatique a entraîné une baisse de 10 % de la production de lait en 2022-2023, qui se confirme également sur cette saison 2023-2024.
Aujourd'hui, la filière des fromages AOP franc-comtois n'a donc plus vocation à augmenter sa production, mais bien de poursuivre sa production qualitative en accord avec ce qu'offre la nature.
Un nouveau cahier des charges est en cours d'élaboration et sera applicable pour la prochaine saison 2025-2026. Ce dernier prévoit notamment un minimum d'1,3 hectare d'herbe par vache (contre 1 hectare actuellement), un plafond de 50 vaches par travailleur ou encore la limitation des engrais azotés sur les prairies.
