Les techniques capables de modifier le génome d'une plante sans insérer intentionnellement de gène étranger relèvent-elles du cadre des organismes génétiquement modifiés (OGM) ? Non, répondait le ministre de l'Agriculture, Julien Denormandie, le 15 janvier dernier, suscitant l'inquiétude d'associations environnementales. Ce jeudi 29 avril, la Commission européenne semble lui emboîter le pas : « la législation actuelle sur les OGM n'est pas adaptée à cette technologie innovante [...] et doit être adaptée au progrès scientifique et technologique », écrit-elle dans un nouveau rapport.
De quoi déclencher la colère de certaines ONG : « Une réglementation plus souple pour les nouveaux OGM, comme le propose la Commission européenne, irait à l'encontre du principe de précaution », a immédiatement réagi Greenpeace France, qui avait mené deux actions le week-end dernier pour s'y opposer. La Confédération paysanne, de son côté, a fustigé l'« inaction quant à l'application de la législation OGM actuelle », et dénoncé « l'influence considérable des lobbys agro-industriels sur les résultats de cette étude ». Les scientifiques eux-mêmes s'écharpent sur le sujet, les uns vantant l'ampleur des bénéfices possibles, les autres alertant sur les nombreux risques cachés.
Modifier le génome grâce à des ciseaux génétiques
Mais de quoi parle-t-on exactement ? Dans son étude, la Commission s'intéresse aux NGT, des nouvelles techniques génomiques qui permettent d'intervenir sur une partie précise du matériel génétique d'un organisme. Elles renvoient notamment aux fameux « ciseaux génétiques », appelés CRISPR-CAS, inventés il y a près de dix ans par les Nobel Emmanuelle Charpentier et Jennifer Doudna. Véritable outil révolutionnaire par leur simplicité de conception et leur faible coût unitaire, ils offrent la possibilité de couper les deux brins d'un ADN et de remplacer des séquences, ou de supprimer l'expression d'un gène, de manière à modifier certaines des caractéristiques d'un individu - hommes, animaux ou végétaux.
Et dans ce dernier champ, si ces techniques ne sont pas encore commercialisées, elles suscitent de nombreux espoirs : elles ouvriraient la voie, par exemple, à la possibilité de changer le code génétique des betteraves afin de les rendre résistantes aux virus transmis par les pucerons, qui déciment des cultures entières et ont poussé le gouvernement à ré-autoriser les insecticides néonicotinoïdes, par exemple. Ou encore, portent la promesse de créer des plantations plus résistantes à la sécheresse - dans un contexte de réchauffement du climat -, en jouant sur le séquençage des plantes.
Le tout, sans y insérer le moindre gène extérieur - sur le papier -, comme c'est le cas pour les OGM « traditionnels », dits transgéniques. A l'inverse, « les NGT permettent de modifier de manière ciblée le génome des plantes. L'apparition de mutations dans le génome est un processus naturel, important dans la domestication des plantes. La méthode d'édition de génome par CRISPR Cas9 permet simplement d'induire les mutations particulières qui nous intéressent, au moment opportun », explique Jean-Luc Gallois, directeur de recherche à l'Inrae.
Cadre réglementaire commun
Mais en juillet 2018, la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE), suivie en France par le Conseil d'Etat, avait décidé que ces nouvelles techniques devaient être soumises aux obligations prévues par la directive européenne sur les OGM, adoptée en 2001, au même titre que les OGM par transgénèse.
« La CJUE a considéré que, à partir du moment où il y a des étapes cellulaires in vitro de cellules isolées, ce sont - au sens de la directive de 2001 - des mutants qui n'ont pas fait la preuve d'un long passé de sécurité avéré, et doivent donc faire l'objet d'examens, comme tous les autres », explique Yves Bertheau, directeur de recherche Inrae au Muséum national d'Histoire naturelle, spécialiste des OGM, de leur traçabilité et de la coexistence des filières.
Concrètement, ce cadre strict prévoit qu'une culture génétiquement modifiée ne peut pas être mise sur le marché et disséminée dans l'environnement sans autorisation préalable, après évaluation des risques pour la santé et l'environnement. Étiquetées « OGM », les plantes concernées doivent ainsi faire l'objet d'une traçabilité particulière. « Nous demandions simplement que toutes ces nouvelles techniques aujourd'hui développées par les industriels et semenciers soient étiquetées, tracées et évaluées », lance Daniel Evain, référent sur les OGM à la Fédération nationale de l'agriculture biologique (FNAB).
Des promesses en l'air ?
L'histoire ne s'arrête pas là : à la suite de l'arrêt de la CJUE, la Commission avait commandé une étude approfondie synthétisant les différents avis scientifiques - celle publiée aujourd'hui -, afin de déterminer si ces biotechnologies pouvaient être exemptées des obligations de la directive OGM ou si cette dernière devrait être modifiée pour les inclure. Avec ce nouveau rapport, elle ouvre ainsi la voie à une sortie de ces NGT du cadre OGM de la directive de 2001. Car selon elle, ils contribuent aux objectifs de l'UE « en matière d'innovation et de durabilité des systèmes alimentaires, ainsi qu'à une économie compétitive ».
« Les produits NGT ont le potentiel de contribuer à des systèmes alimentaires durables avec des plantes plus résistantes aux maladies, aux conditions environnementales et aux effets du changement climatique. En outre, les produits peuvent bénéficier de qualités nutritionnelles plus élevées telles qu'une teneur en acide gras plus saine et un besoin réduit d'intrants agricoles tels que les pesticides », écrit la Commission.
« Cela ne va pas résoudre la faim dans le monde », souffle-t-on chez Greenpeace France. « Aujourd'hui, le discours porte sur le climat ; on s'adapte aux enjeux du moment », ironise Suzanne Dalle, chargée de campagne Agriculture. « Il y a plusieurs décennies, avec les premiers OGM à pesticides, ont nous promettait déjà qu'ils permettraient de résister mieux à la sécheresse, de s'adapter aux grands froids... On constate un échec de ces technologies » abonde Daniel Evain de la FNAB.
Pour eux, les bénéfices sont plutôt sectoriels : ceux des industriels, conscients des nombreux bénéfices des NGT. Car depuis les années 2000, avec le développement du séquençage génétique, la mutagenèse est devenue plus performante que la transgénèse, en permettant d'affiner la cible à modifier et d'utiliser les diverses et variées séquences des bases de données. « Et son coût a été divisé par 100 000 entre 1990 et aujourd'hui, quand la durée de l'opération a été réduit à seulement quelques heures », souligne Guy Kastler, membre fondateur de la Confédération paysanne. Par ailleurs, sortir de la réglementation OGM représenterait une aubaine pour les industriels, selon Yves Bertheau : « Cela leur permettrait de ne plus être étiquetés comme tels. Et on connaît la réticence de beaucoup de consommateurs sur ce sujet » note-t-il.
Alors, afin de de convaincre des bienfaits des NGT, les industriels s'appuient sur cette « économie des promesses », estime Yves Bertheau. Celle d'un futur meilleur, plus résilient, de l'agriculture. Mais, pour le phytopathologiste, les honorer ne sera pas une partie aisée. « Si l'on veut créer des variétés résistantes à la sécheresse, par exemple, il faut intervenir sur beaucoup de gènes différents, de manière à cibler à la fois la germination, la culture en cours ou le remplissage du grain. Couper ou introduire une séquence génétique à un endroit ne suffira pas : les génomes ne sont pas des jeux de construction aux pièces interchangeables », avance-t-il.
Mais pour Jean-Luc Gallois, ce « procès d'intention » n'a pas lieu d'être. « L'amélioration des plantes peut répondre aux défis actuels liées au changement climatique, assure le biologiste. On peut travailler la forme de la racine, pour rendre la plante plus résistante à la sécheresse, en modifiant très peu de gènes ». Lui travaille sur la modification du génome des tomates ou encore du manioc - peu résistants à certains virus -, grâce à la copie par NGT d'une séquence particulière du poivron.
« Pour ce légume, la sélection opérée au fil du temps par les paysans, en ne gardant que leurs meilleurs plants, a permis de sélectionner des mutations naturelles le rendant très résistant aux virus. Nous les avons identifiées, pour les recréer chez des légumes voisins, et permettre leur résistance, et réduire l'utilisation de certains pesticides », développe le chercheur.
Et il en est sûr : ces procédés ont vocation à se développer. « Dans le futur, ce sera vraiment important pour les espèces qui n'ont pas acquis de mécanisme de résistance sélectionné naturellement au cours de l'évolution, ou vis-à-vis de virus émergents », estime-t-il.
Des risques mal évalués
Quand bien même, quels risques de tels procédés présentent-ils ? « Les NGT constituent un groupe diversifié de techniques [...], par conséquent, les considérations de sécurité dépendent de la technique », considère la Commission. Pour certains d'entre eux, elle note que l'EFSA (l'Autorité européenne de sécurité des aliments) n'a « pas identifié de nouveaux dangers par rapport à la sélection conventionnelle et aux techniques génomiques établies ». Elle ajoute que « les mutations hors cible potentiellement induites par [c]es techniques [...] sont du même type et moins nombreuses que ces mutations dans la sélection conventionnelle ».
Insuffisant pour rassurer Yves Bertheau, qui s'inquiète de « nombreux dommages collatéraux » déjà connus.
« Pour opérer ces modifications génétiques, les NGT ont recours aux mêmes méthodes in vitro que celles utilisées en transgénèse. On réalise des protoplastes, c'est-à-dire qu'on enlève les parois d'une cellule végétale, on fait des cultures cellulaires et on utilise un vecteur, notamment l'Agrobacterium, une bactérie qui laisse des scories dans le génome. Ces étapes induisent de nombreuses mutations génétiques non intentionnelles », pointe-t-il.
Sans compter les effets « off targets » : la mutation génétique peut induire des effets indésirables sur des séquences ADN similaires à celles visées. Quant à la séquence atteinte, le « on-target » selon le biologiste, des effets inattendus peuvent surgir sur celles-ci, comme des réarrangements chromosomiques. « Dans la mesure où l'on n'en a pas besoin aujourd'hui pour se nourrir, pourquoi faire courir un risque à tout le monde ? » s'interroge de son côté Guy Kastler de la Confédération paysanne.
Les risques sont pourtant maîtrisés, assure Jean-Luc Gallois. « On peut vérifier a posteriori dans le génome qu'il n'y a pas eu de modification autre que celle recherchée, ou l'absence d'insertion d'ADN bactérien », note-t-il. Et pour le chercheur, la méthodologie est de plus en plus fiable. « Dans notre équipe, on regarde, à chaque pas, si d'autres problèmes peuvent être engendrés, si on ne va pas entraîner des problèmes de développement de la plante, etc », assure-t-il.
La question de la traçabilité
Surtout, une révision de la réglementation ne rimerait pas avec absence de contrôle, affirme le chercheur. « Il y a toujours habilitation auprès d'un comité d'éthique, et ce sera de toute façon évalué par un séquençage du génome, qui pourrait identifier les éventuels problèmes », précise-t-il. La mauvaise traçabilité des NGT est pourtant le principal argument de la Commission pour faire évoluer la directive : faute de présence d'ADN étranger, il serait difficile de détecter les modifications entraînées dans le génome d'une espèce par ces nouvelles méthodes, car il est impossible de déterminer si ces changements sont dus à une mutagenèse ou simplement à « un mécanisme naturel (de sélection et croisement) ou à des techniques (chimiques, par radiation...) non soumises à la réglementation OGM », prévient le rapport.
« Bien que les méthodes de détection existantes puissent détecter même de petites altérations du génome, cela ne confirme pas nécessairement la présence d'un produit réglementé ; la même altération pourrait avoir été obtenue par sélection conventionnelle, qui n'est pas soumise à la législation sur les OGM. C'est un problème pour les autorités de contrôle et les opérateurs. Les systèmes de traçabilité complémentaires ne semblent pas offrir une solution à ce défi et présentent un certain nombre de limites », peut-on ainsi lire.
Mais pour Yves Bertheau, cette justification est fallacieuse. « C'est un prétexte politique, pour cacher les véritables raisons que sont la course à l'innovation et l'utilisation des séquences publiques sans partage des bénéfices prévu par la Convention sur la biodiversité. Un rapport récent du réseau European Network of GMO Laboratories (ENGL) conclut qu'il suffit d'avoir quelques éléments pour les identifier, à condition d'y mettre les moyens. En 2017, ce même réseau de laboratoires de contrôle des Etats membres avait proposé à la Commission de se lancer dessus. Celle-ci avait refusé ! », alerte-t-il.
« Cela revient à dire : la dune du Pilat contient du sable, la tour Montparnasse aussi, donc on ne peut pas les distinguer car ils comprennent les mêmes constituants de base. C'est un argument d'autorité sans fondement », ajoute-t-il.
Surtout que, selon le phytopathologiste, il serait au final plus facile de tracer ces NGT s'ils étaient considérés comme des OGM, car les firmes fourniraient les informations nécessaires. « Sans cela, il faudra courir après le matériel de référence, comme pour les OGM transgéniques il y a des décennies », prévient-t-il.
Pour l'heure, rien n'est gravé dans le marbre. La Commission a promis jeudi « une vaste consultation pour discuter de l'élaboration d'un nouveau cadre juridique pour ces biotechnologies », de concert avec les Etats membres et les eurodéputés. Et « dans les mois à venir », une analyse d'impact sera réalisée pour explorer les options politiques concernant la réglementation des plantes dérivées de certaines NGT.
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