Si vous prenez des antibiotiques, vous risquez fort d'être victime de diarrhée. En effet, les antibiotiques ne se contentent pas de tuer les bactéries nocives à l'origine des maladies. Ils causent aussi des dommages collatéraux au sein de notre microbiote, la complexe communauté de bactéries qui peuple dans nos intestins. Il en résulte donc aussi un appauvrissement profond, quoique généralement transitoire, de la population de bactéries bénéfiques qui y vivent.

Pour atténuer cette perturbation, une stratégie populaire consiste à prendre, pendant ou après un traitement antibiotique, un complément à base de probiotiques, contenant des bactéries vivantes. La logique est simple : les bactéries bénéfiques présentes dans l'intestin étant endommagées par les antibiotiques, pourquoi ne pas les remplacer par les souches bactériennes « bénéfiques », contenues dans les probiotiques, afin d'aider les populations de bactéries intestinales à retrouver leur « équilibre » ? La réponse est toutefois un plus compliquée que cela.

S'il existe quelques preuves que la prise de probiotiques peut empêcher la survenue des diarrhées dues aux antibiotiques, cet effet bénéfique est relativement limité : il ne concerne qu'une personne sur 13. Par ailleurs, ces études ont souvent négligé d'évaluer les méfaits potentiels de l'utilisation des probiotiques. Elles n'ont pas examiné leur impact sur le microbiote intestinal au sens large.

Probiotiques, le pour et le contre

Une récente étude israélienne a mis à mal l'hypothèse selon laquelle il n'y aurait que peu d'inconvénients à prendre des probiotiques. Les participants à ces travaux se sont vus administrer des antibiotiques, puis ont été séparés en deux groupes. Les membres du premier ont reçu un probiotique contenant 11 souches bactériennes, durant quatre semaines. Les membres du second groupe recevaient quant à eux un placebo.

Les chercheurs ont découvert que les dommages causés par les antibiotiques à la flore intestinale des membres du premier groupe permettaient aux souches du probiotiques de coloniser efficacement leur intestin. Mais ils se sont aussi aperçus que cette colonisation retardait la récupération du microbiote, qui restait perturbé durant toute la durée de l'étude, soit six mois. Le microbiote du groupe placebo, en revanche, revenait à la normal seulement trois semaines après la fin du traitement antibiotique.

Cette recherche met en lumière une vérité quelque peu inattendue : nous ne savons toujours pas quelles sortes de bactéries nous sont réellement bénéfiques, ou même en quoi consiste un microbiote en bonne santé. Il semble en tout cas peu probable que des souches bactériennes particulières soient, individuellement, utiles. C'est plutôt la collaboration de milliers de différentes sortes de microbes, au sein de communautés diversifiées, qui procure des bénéfices à leur hôte en matière de santé. Ces communautés microbiennes sont tout aussi spécifiques que chacun d'entre nous peut l'être. Ce qui signifie que bonne santé ou maladie ne dépendent pas d'une unique configuration. De ce fait, il est peu probable que l'ajout d'une souche bactérienne, ou même de 11, dans un probiotique puisse suffire à rééquilibrer un système si complexe.

Une alternative plus efficace, mais moins facile à accepter

L'étude israélienne a également exploré une approche alternative à la restauration des microbiomes par probiotique : un groupe de participants s'est vu prélever ses propres selles, lesquelles ont été congelées avant l'antibiothérapie. Celles-ci ont ensuite été réintroduites dans leur intestin à la fin du traitement.

L'étude israélienne a également exploré une approche alternative à la restauration des microbiomes par probiotique : un groupe de participants s'est vu prélever ses propres selles, lesquelles ont été congelées avant la prise des antibiotiques. Elles ont ensuite été réintroduites dans leur intestin à la fin de l'antibiothérapie.

Ce traitement, connu sous le nom de transplantation fécale autologue, a permis de rétablir le microbiome à son niveau initial après seulement huit jours. Les membres du groupe témoin ont mis 21 jours à se rétablir.

Il a également été montré que cette approche permet de restaurer efficacement le microbiote intestinal après un traitement combinant antibiotiques et chimiothérapie. Comme on peut s'y attendre, les patients qui suivent ce type de traitement ont un risque plus élevé de complications graves, en raison du bouleversement de leur microbiote. Les recherches en cours nous aideront à comprendre si la restauration microbienne par transplantation fécale autologue se traduira par des avantages tangibles pour ces patients. Mais quoi qu'il en soit, pour la plupart des gens, cette approche ne sera pas envisageable.

Nourrir les bonnes bactéries

Une stratégie plus pragmatique pour favoriser la récupération consiste à fournir aux bonnes bactéries intestinales leur source d'alimentation préférée : les fibres. Les composés fibreux passent dans l'intestin grêle sans être digérés, puis pénètrent dans le côlon, où ils constituent un carburant pour la fermentation bactérienne.

Donc, si vous prenez des antibiotiques ou si vous avez récemment terminé un traitement, assurez-vous de manger beaucoup de légumes, de fruits et de céréales complètes. Vos bactéries intestinales vous en seront reconnaissantes.

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Par Lito Papanicolas, Infectious diseases specialist and PhD candidate, South Australian Health & Medical Research Institute et Geraint Rogers, Professor; Director, Microbiome Research, South Australian Health & Medical Research Institute

 La version originale de cet article a été publiée sur The Conversation