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Stratégie - La Tribune AURAAgriculture - La Tribune AURA

Agriculture : l'INRAE mise sur le séquençage ADN dans la course face au changement climatique

Emilie Valès

Publié le 22 décembre 2023 à 15:37 - Mis à jour le 01 octobre 2025 à 00:32

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Le laboratoire Gentyane s'est doté d'un séquenceur ultra rapide qui va permettre d'accélérer les études en vue d'améliorer les variétés de blé ou de tournesol par exemple.

Le laboratoire Gentyane s'est doté d'un séquenceur ultra rapide qui va permettre d'accélérer les études en vue d'améliorer les variétés de blé ou de tournesol par exemple.

DR Gentyane INRAE

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Avec son nouveau séquenceur, le laboratoire Gentyane, installé à Clermont-Ferrand dans le Puy-de-Dôme, peut décrypter plus rapidement et plus efficacement les informations contenues dans l'ADN. L’outil, extrêmement rare, entend aider l’agriculture à s’adapter au changement climatique en caractérisant les variétés les plus résistantes aux maladies ou à la sécheresse.

C'est la machine de tous les superlatifs. Quinze fois plus rapide, capable de diviser par trois le coût d'un séquençage, avec une marge d'erreur proche de zéro. Le laboratoire Gentyane, rattaché à l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) de Clermont-Ferrand (Puy-de-Dôme), s'est doté d'un outil tout simplement « révolutionnaire » selon les ingénieurs.

Le système appelé « Revio » de Pacific Biosciences (PacBio) est un séquenceur capable de décrypter les informations contenues dans de l'ADN de tous les types d'espèces vivantes (humain, animal, végétal, microbe) en un temps record et générant une plus grande quantité de données.

« Grâce à son débit, nous pouvons accélérer nos études. Il nous fallait par exemple six jours pour séquencer un échantillon de blé. Désormais, cela se fait en huit heures. Ces dernières années, il y a eu d'énormes progrès technologiques. En 2016, dans le projet Investissements d'Avenir Sunrise, pour caractériser un génome de référence de tournesol, il avait fallu 1 an et demi. Plus d'un million d'euros avait été nécessaire. Aujourd'hui, avec cette nouvelle machine, cela nous prend 24h et cela coûte 3.000 euros », explicite Charles Poncet, responsable de la plateforme Gentyane.

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Mais cette machine, extrêmement rare (il n'en existe que deux en France) et sortie en juin dernier, coûte une petite fortune : 800.000 euros. Surtout, sa durée de vie n'est évaluée qu'entre quatre et cinq ans, car les technologies évoluent vite. Elle a été financée grâce au soutien de la Région, dans le cadre du fonds européen de développement régional octroyé par l'Union Européenne.

Aider l'agriculture face au changement climatique

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Cet investissement onéreux trouve des applications concrètes dans l'agriculture. Car cette machine participe à l'adaptation des cultures et des élevages face au changement climatique. Ce séquenceur permet d'être plus performant dans la sélection génétique de nouvelles variétés. Le laboratoire Gentyane est d'ailleurs impliqué dans le Programme et équipements prioritaires de recherche (PEPR) Agrodiv, piloté par l'Etat et doté de 3,3 millions d'euros de financement. Ce projet doit permettre de caractériser et d'exploiter la diversité génétique ancienne des plantes et des animaux d'intérêt agricole, adaptée au changement climatique et à la transition agroécologique.

Emilie Valès

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