Le "Google 3.0 du cancer" va permettre de “découvrir des maladies très rares”

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Pour le Dr Alain Livartowski, avec ce Google 3.0 du cancer, il sera possible, en trouvant des patients similaires, de mieux aiguiller le diagnostic.
Pour le Dr Alain Livartowski, avec ce "Google 3.0 du cancer", "il sera possible, en trouvant des patients similaires, de mieux aiguiller le diagnostic". (Crédits : DR)
Une équipe française élabore un logiciel d'analyse des données des hôpitaux sur le cancer et une interface pour aider ces derniers à mieux comprendre et combattre la maladie. Selon l'un des participants au projet, le Dr Alain Livartowski, de l'Institut Curie, ce nouvel outil permettra, notamment, de revoir "la classification" des cancers. Une version 1, utilisable par médecins et chercheurs, verra le jour en octobre.

LA TRIBUNE - Vous travaillez sur le projet d'un "Google 3.0 du cancer". De quoi s'agit-il ?

ALAIN LIVARTOWSKI - Il existe, enfouies dans les ordinateurs de différents hôpitaux, des informations de type textes et images pour la prise en charge individuelle des patients. Ces informations accumulées, conservées, archivées sont peu utilisées pour la recherche car elles sont dispersées dans des silos. Il faut donc pouvoir les consolider pour pouvoir croiser toutes ces données et les interroger, pour en extraire de nouvelles connaissances.

L'idée de ce Google 3.0 du cancer réside dans la possibilité d'interroger cette masse d'informations et d'obtenir des réponses. On parle ici de 3.0 par comparaison avec le 1.0 qui apporte une simple liste de documents. Le principe du 3.0, c'est de pouvoir extraire l'information et la connaissance, obtenir des données structurées grâce aux méthodes issues du web sémantique(*).

Ce projet a été lancé par la fédération Unicancer, c'est le projet ConSoRe pour "Continuum Soins Recherche".  Une version 0 a été développée avec un industriel (Sword) qui a permis de démontrer qu'il était possible de poser des questions sur des données en texte libre, de lancer la requête dans d'autres centres et d'obtenir une réponse immédiate. Néanmoins, il ne s'agissait que d'un prototype, encore non utilisable pour la recherche. A la rentrée, en octobre 2016, nous disposerons d'une nouvelle version utilisable pour les médecins et chercheurs, actuellement en phase de test à l'Institut Curie.

L'idée est de pouvoir poser n'importe quel type de question via une interface intuitive, comme Google, et, à partir du moment où les données sont dans les disques durs des ordinateurs, extraire des données et obtenir des réponses. Les résultats pourront être analysés en passant par des logiciels de statistiques. On pourra par exemple savoir combien de patients répondent à tel ou tel critère. Cela peut devenir aussi un outil d'aide à la décision.

Pour l'instant, seuls quelques établissements disposent de ce système...

Six établissements disposeront de ce "Google du cancer" avant la fin de l'année : nous, à l'Institut Curie, mais également Lyon, Montpellier, Dijon, et probablement Marseille et Bordeaux. Nous espérons que tous les centres de lutte contre le cancer de France possèderont un jour le même outil. Et il n'est pas exclu que de grands centres privés accèdent à ce Google 3.0 du cancer.  L'idée est d'ouvrir le projet au monde extérieur. C'est pour cela que, à l'Institut Curie, on travaille aussi sur un système non propriétaire afin de pouvoir le partager en France et ailleurs.

Ne risquez-vous pas de vous retrouver en concurrence avec Watson, le robot "intelligent" d'IBM ?

Watson est en effet fondé sur le même principe, mais il se focalise plutôt sur les publications pour être un outil d'aide à la décision. Hôpitaux, grands industriels et GAFA(**) se lancent dans le Big Data car c'est peut-être la recherche clinique de demain.

In fine, que peut-on attendre de cet outil dans la lutte contre le cancer ?

Il devrait donner la possibilité de repérer des maladies très rares. Je rappelle que le cancer n'est pas une maladie unique mais une multitude de maladies très différentes, dont certaines sont si rares que l'on peut parler de maladies orphelines. Il devrait aussi permettre de revoir la classification des cancers, grâce à ces analyses de données et aux nouvelles connaissances qu'elles nous apporteront.

En outre, nous pourrons mieux prédire l'évolution des maladies, mieux établir le pronostic et mieux prédire l'efficacité des traitements. Il sera possible aussi, en trouvant des patients similaires, de mieux aiguiller le diagnostic. Enfin, nous pouvons espérer parvenir à une analyse automatiques des images.

La version "zéro" vous a-t-elle permis de faire déjà une découverte importante en lien avec le cancer ?

Il y a eu une alerte l'an dernier pour savoir si les femmes porteuses d'une prothèse du sein pouvaient développer un lymphome anaplasique. Nous avons pu savoir combien de cas avaient été diagnostiqués et nous avons pu savoir également combien il y avait de cas à  Dijon, Lyon, Montpellier, et cela, en quelques minutes. En fait, nous avons montré qu'il s'agissait d'un événement très rare.

Le projet est lancé depuis plusieurs années, mais il peine à aboutir...

Nous connaissons des difficultés autant au niveau des compétences -qui sont rares- qu'au niveau financier. Ce "Google 3.0 du cancer" demande des compétences pointues, qui sont dispersées. L'Institut Curie a la chance de bénéficier d'un environnement académique de haut niveau et travaille avec des chercheurs de l'Ecole normale supérieure de la Rue d'Ulm et demain de l'Ecole des Mines-Paris-Tech. Un hôpital seul n'aura jamais les compétences en mathématiques pour lancer un tel projet.

Par ailleurs, des questions sont posées aussi pour respecter la propriété intellectuelle des hôpitaux, et surtout vis-à-vis des patients pour leur garantir l'anonymisation des données. Le patient doit être informé et doit être d'accord pour partager ses données, qui ont pour but de faire progresser nos connaissances et guérir plus de malades.

Et vous ne recevez pas d'aide financière de la part de l'Etat...

En effet, nous ne bénéficions pas du soutien de l'Etat, pour le moment. Mais une initiative a été lancée par Marisol Touraine pour financer ce genre de projet. Nous espérons, avec optimisme, en bénéficier un jour.

Propos recueillis par Jean-Yves Paillé

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(*) Pour aller plus loin: Une introduction au Web sémantique (par Julien Plu, sur Developpez.com)

(**) Acronyme de Google, Amazon, Facebook et Apple - qui désigne donc le club des géants d'Internet.

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