La nouvelle région a cette particularité de ne disposer d'aucune grande métropole sur son territoire, par ailleurs placé sous l'influence directe de Paris et de Lyon. Dijon et Besançon se sont donc affrontées à distance pour endosser le rôle de chef-lieu de région.

« Il y a un passif fort entre les deux cités », reconnaît Marie-Guite Dufay.

Ces dernières années, des administrations comme RFF ou encore des banques ont déserté les rives du Doubs pour s'installer en Côte-d'Or. Alors, Jean-Louis Fousseret, maire de Besançon, avait prévenu :

« La fusion ne se fera pas sans la capitale de la Franche-Comté. Besançon est une grande capitale régionale, totalement décomplexée, et je ne pourrai pas accepter qu'elle ne rayonne plus. Coopération ne veut pas dire annexion ».

Dijon a su aligner les arguments 

La 17e ville de France, fraîchement classée au patrimoine mondial de l'Unesco et reconnue cité internationale de la gastronomie, est aussi la première zone d'emploi de la nouvelle région, loin devant Besançon.

Depuis quelques années, celle qui portait le surnom de belle endormie a engagé de gros chantiers pour asseoir sa stature. En plein cœur d'un nœud ferroviaire et autoroutier, elle souffre cependant de quelques lacunes, comme une carence en très haut débit. Mais dans cette course, la ville avait un dernier atout de poids, au sein même du gouvernement : François Rebsamen, maire de la ville, proche de François Hollande et encore à l'époque ministre du Travail. Reste que face aux craintes de perte de souveraineté et d'attractivité, les élus bourguignons ont dû accepter de lâcher du lest. Ainsi, le tiers des sièges des directions régionales sera implanté hors chef-lieu.

Une « coquille quasiment vide »

Besançon, où la fonction publique représente 40,3 % de l'emploi - contre 36,4 % à Dijon - va donc accueillir les sièges du rectorat de région académique, des deux directions régionales en charge de l'environnement, de l'aménagement et du logement ainsi que des entreprises, de même que la direction régionale de l'Insee. Sauf que depuis cette annonce, les syndicats CGT, Sud et CFDT de l'Insee ne cachent pas leurs inquiétudes de voir le siège de l'Institut, à Besançon, devenir une « coquille quasiment vide ». En cause ?

« Les baisses d'effectifs » et le transfert annoncé du service études et diffusion à Dijon. Le cœur de métier de l'Insee. Les discussions entre les deux villes ne vont donc pas s'arrêter. D'autant plus que le choix définitif du chef-lieu ne sera arrêté qu'en juillet 2016, après consultation de la nouvelle assemblée issue des élections. Et pour que la capitale régionale se situe dans la même ville, il faudra réunir 3/5 des voix de la future assemblée. Sachant qu'elle sera composée de 57 Bourguignons et de 43 Francs-Comtois, il faudra convaincre trois voisins.