Ce n'est pas la niche fiscale la plus critiquée, mais son efficacité n'en reste pas moins débattue. Depuis sa profonde réforme en 2008, le crédit d'impôt recherche a recueilli des arguments en sa faveur et à son encontre, qui soulignent à chaque fois la difficulté de mesurer précisément ses effets.

Dans une synthèse récemment publiée, France Stratégie a apporté une nouvelle contribution à la discussion, en reprenant les résultats de plusieurs études commandées par la CNEPI (Commission nationale d'évaluation des politiques d'innovation). Les conclusions se veulent positives : le crédit d'impôt aurait incité les entreprises à augmenter leurs dépenses de R&D, et aurait même contré les effets négatifs de la crise de 2008. Mais les effets sur l'innovation apparaissent en demi-teinte, avec seulement 5% de probabilité supplémentaire de déposer un brevet pour entreprises bénéficiaires. Pas sûr que l'enquête de France Stratégie permette donc de clore le débat, pour une mesure dont le coût avoisinait les 6,3 milliards d'euros en 2015.

Un multiplicateur compris entre 0,9 et 1,5 fois la dépense publique

Le premier thème auquel s'intéresse l'étude, concerne l'effet du crédit d'impôt recherche sur les dépenses en R&D des entreprises. La question se pose particulièrement depuis la réforme de 2008 : auparavant, seules les dépenses supplémentaires engagées par les entreprises dans la R&D leur donnaient droit à un crédit d'impôt. Désormais, c'est le volume total des dépenses qui est pris en compte, sans s'intéresser à sa variation (à la hausse ou à la baisse). Le plafond des dépenses éligibles a été porté à 100 millions d'euros par an, avec un crédit d'IS de 30%, et de 5% au-delà.

Avec ce dispositif, on pouvait craindre que les entreprises ne se contentent d'empocher le crédit d'impôt sur les dépenses qu'elles auraient de toute façon engagées, sans les accroître. Les études compilées par France Stratégie tendent à contredire cette hypothèse. Elles estiment que les entreprises ont augmenté leurs dépenses de R&D au moins autant qu'elles n'ont reçu d'avantage fiscal, sinon plus. C'est ce qu'on appelle l'effet multiplicateur : pour chaque euro d'argent public versé par le biais du CIR, les entreprises auraient dépensé entre 0,9 et 1,5 euro supplémentaire en R&D. Dans une seule estimation, et seulement à long terme, les entreprises réinvestissent un peu moins que ce qu'elles reçoivent (0,9), ce pourquoi la note de France Stratégie conclue à un effet "au moins additionnel" du CIR.

Hausse du volume de dépenses en R&D, malgré la crise de 2008

La synthèse revient également sur la forte progression de l'utilisation du crédit d'impôt par les entreprises. Selon France Stratégie, le nombre d'entreprises bénéficiaires a quasiment triplé entre 2007 et 2015 (année la plus récente où des résultats consolidés sont disponibles), passant de 7.000 à 20.200 notamment grâce au relèvement du plafond. C'est aussi le cas du volume de la subvention, passé de 1.8 milliard à 6.3 milliards d'euros sur la même période. Une telle augmentation place le CIR à la deuxième place des dépenses fiscales les plus importantes pour l'Etat, et le fait contribuer à 60% de la dépense publique en faveur de l'innovation.

Cette augmentation aurait d'ailleurs contribué à maintenir à flot l'investissement des entreprises après la crise de 2008. Selon l'étude, la réforme de 2008 "a non seulement permis de contrecarrer à court terme les effets dépressifs de la crise apparue en 2008-2009, mais aussi a contribué notablement à redresser un effort de R&D qui tendait à s'atténuer, du fait du processus de désindustrialisation observé en France ces dernières années".

Des risques de fraude, un périmètre disputé

Ces résultats tendent certes à défendre l'efficacité "primaire" du CIR. France Stratégie relève que la part de la dépense privée en R&D dans le PIB est passée de 1,27% à 1,43% entre 2007 et 2015, soit une hausse équivalente à celle du CIR sur la période (+0,16 point). En d'autres termes, passer par un crédit d'impôt permettrait de stimuler la dépense privée autant que d'investir directement de l'argent public.

Mais cette augmentation pourrait se révéler en partie artificielle. Les critiques régulièrement formulées depuis 2008 pointent le risque important de fraudes, notamment de la part des grandes entreprises. Celles-ci auraient ainsi eu tendance à surévaluer leurs dépenses de R&D pour profiter de l'avantage fiscal, sans augmenter réellement leurs investissements, comme le dénonçait la Cour des comptes dans un rapport de 2013.

La question pourrait se révéler d'autant plus importante que la France reste loin de l'objectif de consacrer 3% de son PIB à la recherche et à l'innovation, que fixe l'Union Européenne à ses Etats-membres. La France a certes vu son effort passer de 2,02% à 2,25% du PIB entre 2007 et 2016, mais elle reste devancée largement par l'Allemagne, qui y consacrait 2,9% de son PIB en 2016.

Le calibrage du crédit d'impôt reste aussi sujet à débat. Alors qu'il était plutôt destiné aux PME avant 2008, le relèvement du plafond par la réforme de 2008 (à 100 millions d'euros de dépenses par an) l'a étendu aux grands groupes, qui n'en auraient pas forcément eu besoin pour se décider à investir.

En bout de course, une hausse modérée des innovations et des gains de productivité

Ces chiffres n'ont cependant que peu de valeur en soi, s'ils ne sont pas reliés à des résultats en termes d'innovation et de compétitivité (et à terme, de croissance et d'emploi). C'est d'ailleurs sur cet exercice d'évaluation plus difficile que la synthèse de France Stratégie introduit de la nuance.

Le résultat dégagé apparaît ainsi plus contrasté. Une étude de 2017 estimait que la réforme de 2008 avait augmenté de 5% la probabilité qu'une entreprise bénéficiaire dépose un brevet. La note de France Stratégie admet que cette proportion puisse paraître "décevante", tout en insistant sur le fait qu'elle ne permet qu'indirectement de mesurer l'innovation. D'autres études se centrent sur le type d'innovation introduit par les entreprises. Les innovations "pour le marché", d'ampleur plus importante, auraient augmenté de 2,5% grâce à l'extension du CIR, qui aurait également conduit à une augmentation de la productivité de l'ordre de 1,7% pour les entreprises bénéficiaires.

Vers un rééquilibrage en faveur de la recherche publique ?

Ces résultats, bien qu'à prendre avec précaution, tendent à indiquer qu'un effort reste à faire pour transformer les dépenses de R&D en innovations effectives. L'étude de France Stratégie rappelle également que d'autres questions restent à explorer. Les effets sur la croissance et l'emploi sont encore mal connus, tout comme le potentiel gain d'attractivité du territoire français pour les investissements innovants.

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Surtout, il serait intéressant de pouvoir comparer l'efficacité de ce dispositif par rapport à d'autres types de dépense en faveur de l'innovation. Le choix clairement affiché depuis 2008 a été de stimuler la dépense des entreprises, dans l'idée que celle-ci conduirait plus facilement à des innovations que la dépense publique. Mais vu le coût de ces avantages fiscaux, un rééquilibrage vers la recherche publique pourrait être envisagé. Matignon a récemment promis un "investissement significatif" en faveur des chercheurs, et une loi de programmation pluriannuelle de la recherche publique est prévue pour 2021.