Rechercher les marqueurs de l'antibiorésistance dans l'environnement et les relier à l'épidémiologie humaine permettrait de dire quel rôle l'environnement peut jouer dans la diffusion de l'antibiorésistance. Si l'homme pollue l'environnement avec des bactéries antibiorésistantes, ces bactéries intègrent-elles le cycle de l'eau et contribuent-elles à amplifier l'antibiorésistance chez l'homme ? Au sein du laboratoire HydroSciences Montpellier, les chercheuses Estelle Jumas-Bilak et Patricia Licznar-Fajardo portent le projet « Antibiorésistance en milieu hydrique : étude et suivi de l'eau potable dans un territoire ». Estelle Jumas-Bilak, qui est aussi professeur praticien hospitalier et chef du service de prévention des infections au CHU de Montpellier, dirige l'équipe « Pathogène hydrique santé environnement » (PHySE-HSM). Soit 25 cerveaux au service de la recherche sur l'eau et la santé.
Pour bien comprendre les enjeux de l'antibiorésistance, elle rappelle le contexte : « À l'horizon 2050, les premières causes de mortalité dans le monde seront les infections par les agents pathogènes résistants aux traitements. Et on le sait depuis plusieurs années. Pour éviter cela, il faut mieux utiliser les antibiotiques. En France, à l'inverse des pays scandinaves, on n'a rien imposé aux Big Pharma et les tiroirs des pharmacies se sont vidés d'antibiotiques à spectre étroit à la faveur d'antibiotiques à large spectre, ce qui contribue à déséquilibrer plus vite notre microbiote et les écosystèmes. »
« Des sortes de hotspots cachés »
Petit rappel : les antibiotiques sont des médicaments qui agissent en empêchant le développement des bactéries ou en les tuant. Les bactéries exposées aux antibiotiques évoluent et développent des mécanismes de défense qui leur permettent d'échapper à l'action du traitement, c'est l'antibiorésistance. « Depuis 2001 notre équipe travaille sur les bactéries environnementales qui présentent un danger pour l'homme, et l'antibiorésistance est au centre de nos préoccupations depuis 2012, indique Estelle Jumas-Bilak. Les bonnes pratiques médicales pour limiter la résistance aux antibiotiques sont connues, mais limiter leur impact dans l'environnement est plus difficile car cela dépend des territoires où différents facteurs jouent un rôle. Nous cherchons donc quels sont ces lieux qui présentent un risque élevé de voir l'antibiorésistance se développer. »
L'équipe de recherche a ainsi travaillé sur les cours d'eau urbains : « Notre conclusion, c'est que la pollution urbaine, par produits chimiques, métaux, etc., augmente le niveau d'antibiorésistance dans les eaux urbaines. Nous l'avons démontré sur les affluents du Lez où tout épisode d'inondation entraîne une multiplication du niveau d'antibiorésistance par 1 000 à 10 000. Ensuite, un phénomène de résilience du système fait redescendre le niveau. Ce qui signifie que l'inondation mobilise de l'eau fortement contaminée qui se trouve quelque part, et qu'il existe donc bien des réservoirs importants d'antibiorésistance dans l'environnement, des sortes de hotspots cachés. » Autre résultat important lié aux inondations : « Dans certaines lagunes méditerranéennes, chaque fois qu'on a un fort apport d'eau douce par débordement d'une rivière, il y a une baisse de concentration en sel et c'est un stress qui conduit les bactéries pathogènes et antibiorésistantes à prendre le dessus. »
Valider l'intérêt d'une surveillance
La chercheuse rappelle que l'eau, contaminée par l'être humain, est traitée dans les stations d'épuration qui éliminent les bactéries pathogènes, mais ces dernières libèrent leur ADN et peuvent ainsi transmettre à d'autres bactéries l'indésirable antibiorésistance. « La plupart des stations d'épuration rejettent les eaux usées traitées dans l'écosystème naturel, et l'homme peut se retrouver à nouveau exposé, explique Estelle Jumas-Bilak. Par exemple, par des aérosols si l'on est proche d'une étendue d'eau, lors de la baignade, ou en consommant des végétaux arrosés. Et, bien sûr, nous nous sommes interrogés sur la contamination de la source d'eau potable en se demandant si l'antibiorésistance pouvait revenir à notre robinet à la fin du cycle de l'eau. »
Pour répondre à cette question, il existe un moyen relativement simple : des analyses de l'eau potable étant déjà réalisées par les municipalités, il serait facile, selon Estelle Jumas-Bilak, d'ajouter une recherche supplémentaire de l'antibiorésistance. « Mais ce n'est pas encore obligatoire, souligne la chercheuse. Nous avons proposé ce projet à l'ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, N.D.L.R.) mais il n'a pas été financé. Nous ressentons une réticence à la surveillance de l'antibiorésistance dans l'eau potable, peut-être de peur que la population ne panique. Alors qu'aujourd'hui, surveiller le Covid-19 dans les eaux usées n'effraie personne... C'est comme si, pour le réchauffement climatique, on cassait le thermomètre pour ne plus prendre la température et se dire qu'on est bon ! » En attendant, l'équipe de recherche a demandé à l'Agence régionale de santé de travailler avec les laboratoires d'analyse de l'eau dans l'Hérault. « Nous voulions faire cette analyse pour démontrer que c'est facile à mettre en place dans le système français de surveillance de l'eau. Nous avons détecté des bactéries antibiorésistantes en petite quantité dans certains prélèvements d'eau potable. Pas au point de donner l'alerte, mais cela valide l'intérêt d'une surveillance. »
La Water Family
Ce projet de recherche est cofinancé par l'International Center for Interdisciplinary Research on Water Systems Dynamics (ICIReWaRD), et dans le domaine de la santé, l'antibiorésistance est le seul axe financé par le centre. L'ICIReWaRD est le 3e centre international de recherche labellisé UNESCO en France (depuis février 2021). Basé à Montpellier, il réunit 400 scientifiques issus de 17 laboratoires de recherche publics et 150 doctorants. Son directeur, Éric Servat, souligne les enjeux de la thématique de l'eau, sujet ultra stratégique et sensible partout dans le monde : « L'ICIReWaRD est membre de la "Water Family" de l'UNESCO, un réseau d'une trentaine de centres régionaux, de centres internationaux et de chaires sur les problématiques de l'eau dans le monde. Notre force, c'est une approche pluridisciplinaire qui nous permet d'aborder les thématiques sous tous les angles : modélisation mathématique, physique, hydrologie, géochimie, microbiologie, biologie, économie, sociologie, anthropologie, politiques publiques, etc. » Pourquoi l'antibiorésistance, à la croisée de la santé et de l'environnement ? « Nous avons beaucoup de compétences qui s'expriment assez naturellement dans les domaines des ressources en eau, de l'eau agricole, du risque hydrologique ou encore des projets sur les pays du Sud, mais il n'y a pas beaucoup de projets sur les problématiques eau et santé, répond Éric Servat. Il s'agit d'enjeux scientifiques à long terme. L'antibiorésistance est un axe de surveillance de l'ANSES car elle pourrait réduire nos capacités d'action. »
Le financement par l'ICIReWaRD court sur deux ans, avec une fin théorique fixée à l'été 2022. Le projet a été présenté à l'Assemblée scientifique de l'Association internationale des sciences hydrologiques. « Nous prévoyons également d'organiser un workshop international en octobre, en faisant venir un panel d'experts internationaux du domaine pour partager ces travaux », ajoute Éric Servat.
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